Vaikka virtuaalivaluutoissa on suuria mahdollisuuksia, on niissä myös omat ongelmansa. Uhkien vuoksi finanssiala suhtautuu ainakin vielä toistaiseksi varovasti virtuaalivaluuttoihin. Keskeisiä ongelmia on kaksi: ensinnä kukaan ei takaa valuutan arvoa, toisin kuin keskuspankkirahassa. Toiseksi virtuaalivaluutan edullisuus perustuu monesti harmaaseen talouteen.
”Usein on niin, että virtuaalivaluuttojen edullisuus tulee juuri siitä, että jätetään verot maksamatta. Eli jos ostetaan jotain, niin siinä ei ole arvonlisäveroa, tai jos saadaan tulo virtuaalivaluuttana, ei makseta tuloveroa”, sanoo Finanssialan Keskusliiton pääekonomisti Veli-Matti Mattila.
Myös poliisi on virtuaalivaluuttojen suhteen varuillaan, sillä niiden avulla rikoksella hankitun rahan alkuperän peittäminen on helpompaa.